در روش شاخص انتخاب برای محاسبه پارامترهای ژنتیکی چون ضرایب شاخص، واریانس شاخص، رشد ژنتیکی در تابع هدف و دقت انتخاب، از ماتریس های واریانس - کواریانس فنوتیپی و ژنتیکی صفات استفاده می شود. در برخی موارد ممکن است این ماتریس ها همیشه مثبت یا سازگار نباشند. در این تحقیق به منظور بررسی اثر ناسازگاری ماتریس های واریانس - کواریانس بر نتایج حاصل از روش شاخص انتخاب، شش نوع شاخص انتخاب با هدف تولید شیر، درصد چربی شیر و طول عمر گله در دو سال مختلف تعریف شد. که شاخص اول الی سوم شامل تولید شیر، درصد چربی شیر و یکی از صفات تیپ به ترتیب شامل ارتفاع پستان عقب، وضعیت استقرار پستانک های جلو و اتصال پستان جلو، به عنوان صفت همبسته با طول عمر، شاخص چهارم شامل صفات تولیدی و هر سه صفت تیپ و شاخص های پنجم و ششم به عنوان شاخص های کاهش یافته به ترتیب شامل تولید شیر و درصد چربی و فقط تولید شیر بودند. در تحقیق حاضر نتایج حاصل از استفاده از میانگین 3 رکورد شخصی از حیوان مورد بررسی قرار گرفت. کلیه محاسبات در دو حالت ماتریس های ناسازگار و ماتریس های سازگار انجام شدند. برای برطرف کردن ناسازگاری ماتریس ها از روش موسوم به خمیدگی استفاده شد. نتایج نشان داد استفاده از ماتریس های ناسازگار در محاسبات شاخص انتخاب منجر به انتخاب غلط می شود و رشد ژنتیکی کاهش می یابد و این نتیجه مستقل از شرایط اقتصادی سیستم تولید در سال های مختلف بود. در صورت استفاده از ماتریس های سازگار بهترین شاخص، شاخص نوع چهارم بود که بیشترین اطلاعات مرتبط با تابع هدف انتخاب را در بر می گرفت.